DARTS联合蛋白质组学开展高通量靶标筛选

随着蛋白质组学技术不断成熟高分辨率质谱已成为DARTS药物亲和响应靶标稳定性实验的重要组成部分。通过DARTS与质谱联用DARTSMS研究人员能够突破传统条带分析的局限在一次实验中完成全蛋白组水平的靶标筛选为药物作用机制研究提供更加系统的数据支持。DARTSMS实验采用非标记策略进行检测。实验开始时将原型药物直接加入细胞或组织裂解液与天然蛋白充分孵育全程无需探针标记或化学修饰因此能够保持天然产物等活性小分子的天然构象及生物活性。完成结合后再利用经过优化筛选的蛋白酶浓度实施有限酶解使药物保护蛋白与普通蛋白产生稳定性差异。目前大多数DARTS实验已经采用整胶打质谱进行检测而不是仅分析胶图中能够观察到的差异条带。由于现代高分辨率质谱具有更高灵敏度即使电泳图上没有明显变化也能够识别药物结合后产生的细微酶解差异从而实现更加全面的蛋白质组分析。在数据分析过程中需要依据统一标准筛选潜在靶标。FC值Ratio用于评价蛋白变化其中FC1.2代表药物结合后蛋白抗酶解能力增强可作为上调蛋白FC0.833则说明蛋白稳定性降低更容易发生酶解可判定为下调蛋白。与此同时Unique peptide通常要求不少于2个并结合FDR达到High或Medium水平以保证鉴定结果具有较高可信度。针对中药复方等复杂样本DARTS能够一次获得几十至二百个潜在靶标蛋白再结合GO功能富集分析及KEGG通路分析可进一步明确这些蛋白所涉及的生物学过程BP及信号通路。对于菌类样本即使缺少成熟数据库也能够通过序列比对建立数据库完成后续蛋白鉴定。总体来看蛋白质组学的发展显著提升了DARTS技术的检测能力。依托三重复实验设计及组内CV值控制实验误差得到有效降低同时提高了低丰度蛋白的检出效率为天然产物及中药复方多靶点研究提供了更加可靠的技术支持。达吉特DARTS技术服务文献部分客户文献[1]. Zhou J, Song Q, Li H, et al. Targeting circ-0034880-enriched tumor extracellular vesicles to impede SPP1highCD206 pro-tumor macrophages mediated pre-metastatic niche formation in colorectal cancer liver metastasis. Mol Cancer. 2024;23(1):168. Published 2024 Aug 20. doi:10.1186/s12943-024-02086-9.(上海中医药大学附属曙光医院) IF27.7[2]. Zhang W, Song Y, Li C, et al. Canagliflozin Alleviates Diabetic Glomerular Endothelial Injury via Melibiose in a Microbiota-Dependent Manner. Adv Sci (Weinh). Published online May 27, 2026. doi:10.1002/advs.202517222.郑州大学第一附属医院IF14.1[3]. Yang X, Lin G, Chen Y, et al. Chlorquinaldol Alleviates Lung Fibrosis in Mice by Inhibiting Fibroblast Activation through Targeting Methionine Synthase Reductase. ACS Cent Sci. 2024;10(9):1789-1802. Published 2024 Aug 28. doi:10.1021/acscentsci.4c00798.广州医科大学IF12.7[4]. Liang Y, Zhang YL, Cheng TY, et al. Senkyunolide H potentiates bone marrow-derived mesenchymal stem cells therapy for liver cirrhosis by targeting MAEA to enhance ERK-driven HGF secretion. Pharmacol Res. 2026;226:108160. doi:10.1016/j.phrs.2026.108160.上海中医药大学IF10.5[5]. Zhao R, Lu Y, Xu Q, et al. Gut blautia coccoides-derived 5Z-dodecenoic acid attenuates chronic psychological stress-induced gastric cancer progression. Int J Surg. Published online November 20, 2025. doi:10.1097/JS9.0000000000004080.(中国人民解放军总医院第一医学中心) IF10.3[6]. Zhang S, Tang L, Pu Y, et al. Patchouli alcohol triggers autophagic cell death in non-small cell lung cancer cells through targeting GNAI1 to dissociate the GNAI1/ARRB1 complex. Int J Biol Sci. 2026;22(8):4004-4024. Published 2026 Mar 30. doi:10.7150/ijbs.125690.中国上海市宝山区吴淞中心医院IF10.0