使用镜像地址快速下载并解压 SRR 数据直接从 NCBI 下载SRR数据在很多网络环境下速度较慢且不稳定。 一个更高效的做法是使用SRA 官方公开镜像AWS S3通常可以获得非常理想的下载速度。 通过这种方式只需下载一次SRA文件并解压即可得到单端SE或双端PE测序数据。注意不是所有 SRR 都在 S3 镜像上可用如果下载失败请尝试使用 prefetch 或官方 FTP。示例 SRR 号SRR7478302SRR7478246使用镜像地址下载 SRR 数据SRA 镜像地址格式固定只需将 SRR 号拼接到 URL 中即可wget -c https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR7478302/SRR7478302wget -c https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR7478246/SRR7478246-c参数支持断点续传强烈建议保留。下载完成后会得到对应的SRA文件。解压 SRA 文件为 FASTQSRA文件需要使用SRA Toolkit进行解压推荐使用速度更快的fasterq-dump。检查是否已安装 SRA Toolkitfasterq-dump --version如果能正常输出版本信息说明已安装。解压 SRA 文件fasterq-dump ./SRR7478302注意一定要加./指定本地文件否则fasterq-dump会尝试在线下载 SRR 数据几乎总是失败。解压完成后会在当前目录生成 FASTQ 文件。常用解压参数推荐指定输出目录并使用多线程加快解压速度fasterq-dump ./SRR7478302 \ -O fastq \ -e 8 \ --split-files参数说明-O fastq指定 FASTQ 输出目录-e 8使用 8 个线程进行解压--split-files双端数据生成_1和_2两个 FASTQ 文件云生信团队简介“ 云生信” 团队致力于为生命科学领域研究者提供专业的生物信息学服务 主营业务包括 定制生信分析、生信云服务器租赁及托管、生信课程、算法开发、数据挖掘、数据库开发 等服务。 团队打造的“ 云生信” 自动化分析平台 是国内首个标准化分析个性化分析的开放型生物信息学在线平台。http://www.biocloudservice.com/ 目前“ 云生信” 团队已获得40余项独立软件著作权证书 还有3项发明专利。服务领域定制分析业务 根据客户需求 订制个性化数据分析。 包含自有测序数据高级分析、公共 数据库挖掘分析 整合分析等 热点涵盖 机器学习、单细胞测序、孟德尔随机化、 网络 药理学、 GBD等临床数据库挖掘分析、分子对接及分子动力学模拟等......生信云服务器 超十年服务器深度操作经验 提供卓越服务器租赁与托管服务。 用户享受一对一技术支持软件安装、环境搭建等近20P规模服务获众多客户续费与推荐。生信课程 专注生信、 专注实操 内容涵盖单细胞、 空转、 MR等热点方向以及机器学习等 前沿技术重点讲解 热点全面 持续更新生信前沿热点。
